Sekretariat dipimpin oleh sekretaris yang berada di  bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan dan dibantu oleh:

a. Kepala Sub Bagian Umum dan Kepegawaian;

b. Kepala Sub Bagian Perencanaan dan Keuangan;

Tugas:

Sekretariat mempunyai tugas melaksanakan   pembinaan dan tata laksana, perencanaan, kepegawaian, keuangan, perlengkapan, dan rumah tangga untuk menunjang dukungan administrasi kepada seluruh unit organisasi di lingkungan badan.

Fungsi:

1.     pengelolaan dan pelayanan administrasi umum dan kepegawaian

2.     pembinaan dan pemberian dukungan administrasi ketatausahaan, keuangan, kerumahtanggaan, kerja sama, hubungan masyarakat, arsip dan dokumentasi;

3.     pengkoordinasian penyusunan rencana strategi kebijakan operasional di bidang keuangan dan aset daerah, yang meliputi urusan bidang anggaran, perbendaharaan, akuntansi, dan pengelolaan aset daerah;

4.     pengkoordinasian penyusunan program dan kegiatan di lingkungan badan;

5.     pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Kepala Badan sesuai dengan tugas dan fungsinya.